Esta línea aborda aspectos de conservación y manejo sustentable de los recursos desde una perspectiva ambiental holística, considerando la biodiversidad en todos sus niveles (genético, específico, funcional y ecosistémico) como generadora de servicios ecosistémicos vitales para el sustento de las actividades humanas. Lo anterior, siempre mediante un enfoque socio-ecológico y de sustentabilidad en que los aspectos sociales y económicos dependen de los sistemas que sustentan la vida y su biodiversidad, a través de los servicios ecosistémicos que éstos brindan. Desde el punto de vista biocultural, se estudia la relación y las formas de apropiación de la naturaleza por la sociedad para su aprovechamiento y conservación, incluyendo los bienes inmateriales como el valor estético del paisaje y la diversidad cultural de saberes históricos para la gestión del ambiente por los pueblos originarios.​

Los estudios de evaluación de la salud de los ecosistemas valoran el estado del ambiente biótico y abiótico para determinar si los procesos del ecosistema se ven comprometidos por las perturbaciones e impactos ambientales naturales o causadas por el hombre, sus efectos a corto, mediano y largo plazos, y en las escalas local, regional y global. Su interrelación con la salud humana y la generación de diagnósticos para tomar decisiones asertivas e informadas sobre la gestión de los ecosistemas. ​En la evaluación de la salud de los ecosistemas acuáticos se desarrolla investigación de frontera sobre disturbios ecológicos, tramas alimenticias, biodiversidad, ecología funcional, especies invasoras, contaminación y contaminantes del agua, procesos de eutrofización, cambios de uso de suelo y carpeta vegetal que afectan a los ecosistemas acuáticos, herramientas de monitoreo y biomonitoreo innovadoras, monitoreo de impactos ambientales, respuestas al cambio climático, eventos climáticos extremos, disponibilidad en cantidad y calidad del agua, caudal ecológico, reservas de agua y resiliencia; así como el vínculo entre la salud del ecosistema acuático y la salud humana, considerando la visión del socio ecosistema e integrando la influencia humana al ciclo del agua.

Esta línea de investigación incorpora estudios sobre producción más limpia, economía circular, ciclo de vida, así como aspectos sociales ligados al aprovechamiento del medio ambiente tales como producción agrícola, turismo sustentable, ordenamiento territorial, edificaciones sustentables, ciudades inteligentes y ambiente sociourbano, aplicando criterios legales, de responsabilidad social y empresarial, gestión y educación ambiental, creación, uso y manejo de colecciones científicas, gestión de parques y áreas naturales protegidas, y generación de políticas públicas. Lo anterior, empleando actores y redes sociales, e instrumentos socio ambientales como la gobernanza de recursos naturales.

Línea que estudia los recursos naturales (agua, aire, suelo) con una perspectiva de factores limitantes del desarrollo sustentable. Se contextualizan en ésta, las actividades productivas y la ocupación del territorio y su impacto en los ecosistemas derivados de actividades sociales y económicas . Estudia la capacidad de carga de los ecosistemas y los diferentes procesos limpios para la prevención en el origen de la contaminación, así como la adaptación y optimización de tecnologías aplicadas para la mitigación, saneamiento y remediación. El tratamiento de aguas residuales, la remediación y bioremediación de suelos y los estudios de tipos y dispersión de contaminantes atmosféricos constituyen una parte medular de esta línea de investigación. ​